Drewniana świątynia znajdująca się w Zieleńcu jest najstarszym obiektem na terenie gminy Kołaczkowo. Prawdopodobnie jest to druga świątynia w tym miejscu, która powstała w XVII wieku za sprawą rodu Zielińskich.
Zieliniec powstał na prawie niemieckim w 1288 roku. Początkowo miejscowość ta nosiła nazwę Zielony Dąb z czasem nazywana była Zieleńcem, a od XIX wieku Zielińcem. Pierwszy kościół fundowany był prawdopodobnie przez ród Opalów w okolicach 1400 roku. Choć parafia pod wezwaniem św. Mikołaja, powstała w tym miejscu na przełomie XIII i XIV wieku – wynika z informacji księdza Kozierowskiego.
Obecna świątynia powstała w XVII wieku za sprawą ówczesnych właścicieli rodu Zielińskich herbu Jelita. Najcenniejszym zabytkiem pochodzącym z tej świątyni jest ołtarz, który od lat 30-tych ubiegłego wieku znajduje się w Muzeum Archidiecezjalnym w Gnieźnie. Tryptyk ten powstał w 1400 roku i znajdował się w pierwszej drewnianej świątyni.
W latach 90-tych obiekt ten przeszedł poważną przebudowę. Drewniane ściany zastąpiono murowanymi.
